辩经是佛学教育中之重要组成部分。传统上，辩经教育都在露天的辩经场进行。在古代，大藏寺虽有辩经教育，但却从未建造一座辩经学院。寺史上有一个百年前的预言：将来会有由远方来的施主建造成一座辩经学院，有来自汉地的僧人与藏族僧人一同学习。这座预言中的辩经院在1997年海外各国佛子资助下启建落成，其壁画甚为精美。